Identificación molecular y relaciones evolutivas de Pomacea nobilis, base para la autenticación específica del churo negro de la Amazonia peruana / Molecular identification and evolutionary relationships of Pomacea nobilis, basis for the specific authentication of the black apple snail from Peruvian Amazonia

Resumen En la Amazonia Peruana los caracoles dulceacuícolas de la familia Ampullariidae son conocidos como churos y originalmente han sido descritas para Perú alrededor de 20 especies. Aunque son muy usadas para alimentación, medicina tradicional y objeto de muchos estudios para su cultivo e industrialización, solamente es mencionada en la literatura la especie Pomacea maculata. Se llevó a cabo la identificación molecular sobre la base del marcador mitocondrial COI, de individuos de churos negros (Pomacea) comercializados en los mercados de Iquitos, así como los usados en platos a la carta en la ciudad de Lima, contrastados con otros individuos de procedencia de su hábitat natural. Se encontró que estos especímenes expendidos corresponden a la especie Pomacea nobilis (Reeve, 1856). El análisis filogenético molecular mostró que P. nobilis es especie hermana de P. guyanensis, en el grupo de P. glauca, distantemente relacionada de P. maculata. Las distancias no corregidas encontradas entre ellas, para el marcador mitocondrial COI, fueron de 11.33% a 13.17%, mientras que con P. maculata fueron de 13.67% a 15.33%. Estos resultados demostraron la eficacia del código de barras de ADN para la identificación y autenticación de la especie, lo que le da un valor agregado para su eventual comercio de exportación.

Abstract In the Peruvian Amazon, freshwater snails of the Ampullariidae family are known as churos, and around 20 species have originally been described for Peru. Although they are widely used for food, traditional medicine and the object of many studies for their cultivation and industrialization, only the species Pomacea maculata is mentioned in the literature. Molecular identification was carried out based on the mitochondrial marker COI of individuals of "churo negro" apple snails (Pomacea) commercialized in the markets of Iquitos, as well as those used in restaurant dishes in the city of Lima, and contrasted with specimens from their natural habitat. It was found that these specimens, correspond to the species Pomacea nobilis (Reeve, 1856). The molecular phylogenetic analysis showed P. nobilis as the sister species of P. guyanensis, in the P. glauca group, distantly related to P. maculata. The uncorrected distances found between them, for the mitochondrial marker COI, were from 11.33% to 13.17%, while with P. maculate were from 13.67% to 15.33%. These results demonstrated the effectiveness of the DNA barcode for the identification and authentication of the species, which gives it added value for its eventual export trade.

Métodos de identificación polifásica aplicados a la búsqueda de microorganismos con potencial industrial / Polyphasic identification methods applied in searching for microorganisms with industrial potential

Introducción: La bioprospección de metabolitos de interés antropogénico emplea métodos de recolección de microorganismos en ecosistemas extremófilos o endémicos. La microbiota aislada en estos lugares puede o no incluir microorganismos patógenos. Es imprescindible un enfoque interdisciplinario que permita abordar la búsqueda de las especies de interés mientras se preserva la buena salud de los investigadores. Objetivo: Identificar molecular, bioquímica y morfológicamente microorganismos patógenos humanos en cepas celulolíticas de importancia industrial almacenadas en el banco de cepas del Laboratorio de Investigación de la Facultad de Ingeniería Química de la Universidad Central del Ecuador, procedentes del Yasuní, la Antártida y Balzapamba. Métodos: Se realizó un estudio de bioprospección de bacterias celulolíticas empleando técnicas de microbiología ambiental. Se evaluaron las características morfológicas mediante tinciones, como por ejemplo Gram. Además, se realizaron pruebas bioquímicas y antibiogramas para bacterias Gram-negativas y Gram-positivas. Las pruebas moleculares utilizaron extracción de ADN bacteriano para la secuenciación Sanger del gen 16S. Resultados: Se encontraron las especies Klebsiella pneumoniae (Y2 y Y3r) y Nocardia asteroides (Y1 y Y3p) en las muestras de material lignocelulósico recolectadas en Yasuní, mientras que las especies aisladas en la Antártida y en Balzapamba corresponden a Bacillus subtillis. Conclusiones: Se identificaron cepas pertenecientes a diferentes géneros bacterianos. Las bacterias del género Klebsiella, en las muestras colectadas en Yasuní, podrían tener un potencial patógeno. Eso se puede corroborar con técnicas de genotipificación. Por lo tanto, puede existir riesgo para los seres humanos que realizan bioprospección en ese ecosistema y se deben tomar medidas de bioseguridad.

Abstract Background: The bioprospection of metabolites of anthropogenic interests employs methods of collecting microorganisms in extremophile or endemic ecosystems. The microbiota isolated in these places may or may not include pathogenic microorganisms. Therefore, an interdisciplinary approach is essential to address the search of the species of interest while the good health of the researchers is preserved. Objective: To identify in molecular, biochemical and morphologically ways some human pathogenic microorganisms in cellulolytic strains of industrial importance stored in the strain bank of the Research Laboratory of the Faculty of Chemical Engineering at the Central University of Ecuador, from Yasuní, Antarctic and Balzapamba. Methods: IA bioprospecting study of cellulolytic bacteria was performed using environmental microbiology techniques. Morphological characteristics were assessed by Gram staining. In addition, biochemical tests and antibiograms were performed for Gram-negative and Gram-positive bacteria. The molecular tests used extraction of bacterial ADN for 16S gene Sanger sequencing. Results: The species Klebsiella pneumoniae (Y2 and Y3r) and Nocardia asteroides (Y1 and Y3p) were found in samples of lignocellulosic material collected in Yasuni, while the isolated species in Antarctica and Balzapamba correspond to Bacillus subtillis. Conclusions: Strains belonging to different bacterial genera were identified. The bacteria of the genus Klebsiella from the samples collected in Yasuní could have a potential pathogen. This can be corroborated with genotyping techniques. Therefore, there could be a risk to humans who perform bioprospecting in that ecosystem and biosecurity measures should be taken.

Presence of anisakid larvae in commercial fishes landed in the Pacific coast of Ecuador and Colombia / Presencia de larvas de anisakidos en peces comercializados y desembarcados en la costa del Pacífico de Ecuador y Colombia

Introduction: Anisakidosis is a zoonotic disease caused by the consumption of raw or undercooked fish or crustaceans parasitized by nematode larvae of the Anisakidae family. In this study, the presence of anisakid larvae was identified in fish species of consumer of the Pacific coast in Ecuador and Colombia. Methods: We obtained 438 samples grouped into twenty species of fish caught in the fishing ports of Manta, Santa Rosa, Buenaventura and Tumaco. The morphological identification of the larvae was made by taxonomy and the percentage of infection, were calculated. For the identification of species, a multiplex PCR was carried. Results: The taxonomic review identified eight species of fish as hosts of the genders Anisakis and Pseudoterranova. The larvae were isolated mainly from the intestine with a percentage of infection between 18 and 100%. The percentage of infection and identification of anisakids in these fish will aid in the prevention and control of anisakiasis as a possible emerging disease for this area of the Pacific. With the multiplex PCR, A. pegreffii, A. physeteris, and P. decipiens were identified. Conclusion: The identification of these species is reported for the first time in this geographical area, providing the basis for future research into the Anisakidae family.

Introducción: La anisakidosis es una enfermedad zoonótica causada por el consumo de pescado o crustáceos crudos o poco cocinados parasitados por las larvas de nematodos de la familia Anisakidae. En este estudio, se identificó la presencia de larvas de anisakidos en especies de peces de consumo de la costa del Pacífico en Ecuador y Colombia. Métodos: Obtuvimos 438 muestras agrupadas en veinte especies de peces capturados en los puertos pesqueros de Manta, Santa Rosa, Buenaventura y Tumaco. La identificación morfológica de las larvas se realizó por taxonomía y se calculó el porcentaje de infección. Para la identificación de las especies, se llevó a cabo una PCR múltiplex. Resultados: La revisión taxonómica identificó ocho especies de peces como huéspedes de los géneros Anisakis y Pseudoterranova. Las larvas se aislaron principalmente del intestino con un porcentaje de infección entre 18 y 100%. El porcentaje de infección e identificación de anisakidos en estos peces ayudará a prevenir y controlar la anisakiasis como una posible enfermedad emergente en esta área del Pacífico. Con la PCR múltiplex, se identifico A. pegreffii, A. physeteris y P. decipiens. Conclusión: La identificación de estas especies se informa por primera vez en esta área geográfica, proporcionando la base para futuras investigaciones sobre la familia Anisakidae.

IDENTIFICACIÓN DE UNA COLECCIÓN DE MICROALGAS AISLADAS DE COSTA RICA MEDIANTE SECUENCIACIÓN DE ADNr18S / Identification of a Microalgae Collection Isolated from Costa Rica by 18S rDNA Sequencing

RESUMEN Las microalgas componen un diverso grupo polifilético de microorganismos fotosintéticos. Debido a su potencial biotecnológico, los estudios para aislar e identificar nuevas cepas han incrementado, por lo que es necesario el desarrollo de nuevas técnicas para su correcta identificación y clasificación. Utilizando herramientas de biología molecular, en este estudio se analizó el gen del ADNr 18S de 12 cepas microalgales aisladas de diferentes regiones de Costa Rica, resultando seis pertenecientes a la clase Trebouxiophyceae, tres a Chlorophyceae, dos a Prymnesiophyceae y una a Cyanidiophyceae. Este estudio reporta por primera vez la identificación molecular de cepas microalgales aisladas de Costa Rica, resaltando la diversidad de estos microorganismos en el país.

ABSTRACT Microalgae integrate a diverse polyphyletic group of photosynthetic microorganisms. Due to its biotechnological potential, studies to isolate and identify new strains have increased, hence, it is necessary to develop new techniques for their correct identification and classification. Using molecular biology tools, this study analyzed the 18S rDNA gene from 12 microalgal strains isolated from different regions of Costa Rica, resulting in six strains belonging to the class Trebouxiophyceae, three to Chlorophyceae, two to Prymnesiophyceae and one to Cyanidiophyceae. This study reports for the first time the molecular identification of microalgal strains isolated from Costa Rica, highlighting the diversity of these microorganisms in the country.

Patogenicidad de especies de Fusarium asociadas a la pudrición basal del ajo en el centro norte de México / Fusarium species associated with basal rot of garlic in North Central Mexico and its pathogenicity

El ajo en México es uno de los cultivos de hortalizas más rentables, más del 83% de esta superficie es aportada por los estados de Zacatecas, Guanajuato, Sonora, Puebla, Baja California y Aguascalientes. La pudrición basal ocasionada por Fusarium spp. se encuentra ampliamente distribuida a nivel mundial; esta enfermedad se ha convertido en una limitante en zonas productoras de cebolla y ajo, no solo en México, sino también en otros países, En México, se ha informado la presencia de Fusarium oxysporum en plantas en Guanajuato y en semillas de ajo en Aguascalientes. En el estado de Morelos se ha reportado la presencia de Fusarium culmorum en cultivares de cebolla. Asimismo, en Aguascalientes se tienen antecedentes de otras especies como Fusarium proliferatum, Fusarium verticillioides, Fusarium solani y Fusarium acuminatum. Para este trabajo se planteó como objetivo identificar las especies de Fusarium encontradas en los estados de Zacatecas, Guanajuato y Aguascalientes, y evaluar su patogenicidad. Se realizaron recolectas de plantas con síntomas de la enfermedad en los estados antes mencionados. De los muestreos realizados se identificaron las especies F. oxysporum, F. proliferatum, F. verticillioides, F. solani y F. acuminatum; las cepas de Aguascalientes identificadas como AGS1A (F. oxysporum), AGS1B (F. oxysporum) y AGSY-10 (F. acuminatum) fueron las que presentaron bajo condiciones de invernadero un mayor índice de severidad.

Garlic in Mexico is one of the most profitable vegetable crops, grown in almost 5,451 ha; out of which more than 83% are located in Zacatecas, Guanajuato, Sonora, Puebla, Baja California and Aguascalientes. Blossom-end rot caused by Fusarium spp is widely distributed worldwide and has been a limiting factor in onion and garlic production regions, not only in Mexico but also in other countries. The presence of Fusarium oxysporum has been reported in Guanajuato and Aguascalientes. Fusarium culmorum has been reported in onion cultivars of Morelos; and Fusarium proliferatum, Fusarium verticillioides, Fusarium solani and Fusarium acuminatum have been previously reported in Aguascalientes. The goal of this work was identifying the Fusarium species found in Zacatecas, Guanajuato and Aguascalientes, to assess their pathogenicity. Plants with disease symptoms were collected from hereinabove mentioned States. The samples resulted in the identification of: F. oxysporum, F. proliferatum, F. verticillioides, F. solani and F. acuminatum species; out of which Aguascalientes AGS1A (F. oxysporum), AGS1B (F. oxysporum) and AGSY-10 (F. acuminatum) strains showed higher severity under greenhouse conditions.

Genotipo, sensibilidad a los antifúngicos y formación de biofilm de aislados de Trichosporon asahii recuperados de la orina de pacientes hospitalizados / Genotype, antifungal susceptibility, and biofilm formation of Trichosporon asahii isolated from the urine of hospitalized patients

En este estudio fueron analizadas mediante el cultivo muestras de orina de pacientes hospitalizados en la región centro-oeste de Brasil; los microorganismos aislados fueron identificados filogenéticamente como Trichosporon asahii. A través del análisis de máxima parsimonia de las secuencias de IGS1, fueron encontrados 3 genotipos que no habían sido descritos anteriormente. Las concentraciones inhibitorias mínimas frente a los 9 aislados identificados presentaron un rango de 0,06-1µg/ml en el caso de la anfotericina B, de 0,25-4µg/ml en el del fluconazol, y de 0,03-0,06µg/ml en el del itraconazol. Aproximadamente 6/9 de los aislados de T. asahii formaron biopelículas en la superficie de microplacas de poliestireno. Este trabajo documenta el aislamiento de T. asahii como agente causal de infeciones urinarias nosocomiales. Además, demuestra que la región IGS1 puede ser considerada una nueva herramienta epidemiológica para la genotipificación de los aislados de T. asahii. Los genotipos menos comunes encontrados en este estudio pueden estar relacionados con las características epidemiológicas locales

In this study, the culture analysis of urine samples from patients hospitalized in the Central-West region of Brazil was performed, and the isolated microorganisms were phylogenetically identified as Trichosporon asahii. Maximum parsimony analysis of the IGS1 sequences revealed three novel genotypes that have not been described. The minimum inhibitory concentrations of the nine isolates identified were in the range of 0.06­1µg/ml for amphotericin B, 0.25­4µg/ml for fluconazole, and 0.03­0.06µg/ml for itraconazole. Approximately 6/9 of the T. asahii isolates could form biofilms on the surface of polystyrene microplates. This study reports that the microorganisms isolated here as T. asahii are agents of nosocomial urinary tract infections. Furthermore, the IGS1 region can be considered a new epidemiological tool for genotyping T. asahii isolates. The least common genotypes reported in this study can be related to local epidemiological trends

Prevalencia y sensibilidad a los antifúngicos de Candida albicans y sus especies relacionadas, Candida dubliniensis y Candida africana aisladas de muestras vulvovaginales en un hospital de Argentina / Prevalence and antifungal susceptibility of Candida albicans and its related species Candida dubliniensis and Candida africana isolated from vulvovaginal samples in a hospital of Argentina

Candida africana taxonomical status is controversial. It was proposed as a separate species within the Candida albicans species complex; however, phylogenetic analyses suggested that it is an unusual variety of C. albicans. The prevalence of C. albicans-related species (Candida dubliniensis and C. africana) as vulvovaginal pathogens is not known in Argentina. Moreover, data on antifungal susceptibility of isolates causing vulvovaginal candidiasis is scarce. The aims of this study were to establish the prevalence of C. dubliniensis and C. africana in vaginal samples and to evaluate the antifungal susceptibilities of vaginal C. albicans species complex strains. We used a molecular-based method coupled with a new pooled DNA extraction methodology to differentiate C. dubliniensis and C. africana in a collection of 287 strains originally identified as C. albicans isolated from an Argentinian hospital during 2013. Antifungal susceptibilities to fluconazole, clotrimazole, itraconazole, voriconazole, nystatin, amphotericin B and terbinafine were evaluated by using the CLSI M27-A3 and M27-S4 documents. Of the 287 isolates, 4 C. dubliniensis and one C. africana strains (1.39% and 0.35% prevalence, respectively) were identified. This is the first description of C. africana in Argentina and its identification was confirmed by sequencing the ITS2 region and the hwp1 gene. C. dubliniensis and C. africana strains showed very low MIC values for all the tested antifungals. Fluconazole-reduced-susceptibility and azole cross-resistance were observed in 3.55% and 1.41% of the C. albicans isolates, respectively. These results demonstrate that antifungal resistance is still a rare phenomenon in this kind of isolates.

La clasificación taxonómica de Candida africana está en discusión, es considerada una nueva especie dentro del complejo C. albicans o una variedad inusual de C. albicans. La prevalencia de las especies relacionadas a C. albicans (C. dubliniensis y C. africana) como agentes de vulvovaginitis en Argentina se desconoce. Los objetivos de este trabajo fueron determinar la prevalencia de C. dubliniensis y C. africana en muestras vaginales y evaluar la sensibilidad a los antifúngicos de aislamientos vaginales de las especies del complejo C. albicans. Para diferenciar C. dubliniensis y C. africana utilizamos un método molecular asociado a un nuevo método de extracción de ADN. Se utilizó una colección de 287 cepas originalmente identificadas como C. albicans aisladas durante 2013 en un hospital de Argentina. Se evaluó la sensibilidad a fluconazol, clotrimazol, itraconazol, voriconazol, nistatina, anfotericina B y terbinafina utilizando los documentos M27-A3 y M27-S4 del CLSI. De los 287 aislamientos, se identificaron 4 C. dubliniensis y 1 C. africana (1,39 y 0,35% de prevalencia, respectivamente). Esta es la primera descripción de C. africana en Argentina. Su identificación fue confirmada por secuenciación de la región ITS2 y del gen hwp1. Las cepas identificadas como C. dubliniensis y C. africana mostraron valores de CIM muy bajos para todos los antifúngicos probados. En los aislamientos de C. albicans, la sensibilidad reducida al fluconazol y la resistencia cruzada a todos los azoles se observó en el 3,55% y el 1,41%, respectivamente. Estos resultados demuestran que la resistencia a los antifúngicos es todavía un fenómeno raro en este tipo de aislamientos.

Karyotype of the invasive species Pterois volitans (Scorpaeniformes: Scorpaenidae) from Margarita Island, Venezuela / Cariotipo de la especie invasora Pterois volitans (Scorpaeniformes: Scorpaenidae) de Isla Margarita Island, Venezuela

The genus Pterois includes nine valid species, native to the Red Sea and Indian Ocean throughout the Western Pacific. P. volitans and P. miles are native to the Indo-Pacific, and were introduced into Florida waters as a result of aquarium releases, and have been recently recognized as invaders of the Western Atlantic and Caribbean Sea (Costa Rica to Venezuela). Thus far, cytogenetic studies of the genus Pterois only cover basic aspects of three species, including P. volitans from Indo-Pacific Ocean. Considering the lack of more detailed information about cytogenetic characteristics of this invasive species, the objective of the present study was to investigate the basic and molecular cytogenetic characteristics of P. volitans in Venezuela, and compare the results with those from the original distribution area. For this, the karyotypic characteristics of four lionfish caught in Margarita Island, Venezuela, were investigated by examining metaphase chromosomes by Giemsa staining, C-banding, Ag-NOR, and two-colour-Fluorescent in situ hybridization (FISH) for mapping of 18S and 5S ribosomal genes. Comparing the sequences of the 16S gene of the specimens analyzed, with sequences already included in the Genbank, we corroborated that our specimens identified as P. volitans are in fact this species, and hence exclude the possibility of a misidentification of P. miles. The diploid number was 2n=48 (2m+10sm+36a) with FN=60. Chromosomes uniformly decreased in size, making it difficult to clearly identify the homologues except for the only metacentric pair, and the pairs number two, the largest of the submetacentric series. C-banding revealed only three pairs of chromosomes negative for C-band, whereas all remaining chromosomes presented telomeric and some interstitial C-positive blocks. Only two chromosomes were C-banding positive at the pericentromeric regions. Sequential staining revealed Ag-NOR on the tips of the short arms of chromosome pair number two and the FISH assay revealed that 18S rDNA and 5S rDNA genes are co-located on this chromosome pair. The co-localization of 5S rDNA and 45S rDNA is discussed. Both constitutive heterochromatin and NOR location detected in samples examined in this study, differ from those reported for P. volitans in previous analysis of specimens collected in Indian Ocean (Java), suggesting the occurrence of chromosome microrearrangements involving heterochromatin during the spread of P. volitans.Rev. Biol. Trop. 62 (4): 1365-1373. Epub 2014 December 01.

El género Pterois contiene nueve especies válidas, nativas del Mar Rojo y el Océano Índico en el Pacífico occidental. P. volitans y P. miles son nativas del Indo-Pacífico, y fueron introducidas en las aguas de Florida como resultado de la liberación de peces confinados en acuario y han sido reconocidas recientemente como invasoras en el Atlántico Occidental y Mar Caribe (Costa Rica hasta Venezuela). Los estudios citogenéticos realizados hasta ahora en el género Pterois cubren solamente aspectos básicos de tres especies que incluyen a P. volitans del océano Indo-Pacífico. Debido a la ausencia de información detallada sobre las características cromosómicas de esta especie invasora, el objetivo del presente estudio fue investigar las características citogenéticas en ejemplares de Venezuela mediante técnicas convencionales y moleculares y comparar los resultados con los reportados para el área de distribución original. Para ello, se investigaron las características cariotípicas mediante tinción con Giemsa, bandeo-C, impregnación con Nitrato de Plata (Ag-NOR) e hibridación fluorescente in situ (FISH) dual para localizar los genes ribosomales 18S rDNA y 5S rDNA en cuatro ejemplares de pez león capturados en la Isla Margarita, Venezuela. La comparación de secuencias del gen 16S de los especímenes analizados con secuencias ya incluidas en el Genbank permitieron corroborar la identificación de P. volitans excluyendo así la posibilidad de una identificación errónea de P. miles. El número diploide fue 2n=48 (2m+10sm+36a) con un FN=60. Los cromosomas presentaron tamaños que disminuyen de manera uniforme dificultando la identificación de homólogos, excepto el único par metacéntrico y el par cromosómico número 2. El bandeo-C reveló tres pares de cromosomas bandas-C negativos, mientras que los restantes presentaron bloques bandas-C positivos en posición telomérica y, en algunos casos, intersticial. Sólo dos cromosomas mostraron bandas-C pericentroméricas. La tinción secuencial reveló las Ag-NOR localizadas en los extremos de los brazos cortos del par número dos y el ensayo FISH demostró que los genes 18S rDNA y 5S rDNA se localizan en ese mismo par. Se discute la co-localización de los genes 5S rDNA y 18S rDNA. La distribución de la heterocromatina constitutiva y localización de las NORs en los peces examinados difirió de la reportada para ejemplares de P. volitans del Océano Índico (Java), sugiriendo que durante la propagación de P. volitans han ocurrido reorganizaciones cromosómicas que involucran la heterocromatina.

Diversidad de levaduras asociadas a chichas tradicionales de Colombia / Yeast diversity associated to Colombian traditional chichas

En Colombia el conocimiento de la comunidad levaduriforme ha sido limitado, ya que los estudios se han enfocado principalmente en especies de interés clínico. Las fermentaciones espontáneas a partir de diversos sustratos representan hábitats de gran importancia para el estudio de la dinámica de las poblaciones de levaduras nativas, por esta razón, en el presente estudio se aislaron e identificaron las levaduras asociadas a las chichas de maíz, piña y arracacha, que son bebidas fermentadas de manera artesanal en Colombia. Se realizó el aislamiento de las levaduras más representativas de la chicha durante sus tres fases de fermentación: inicial, tumultuosa y final. Inicialmente, se hizo una caracterización parcial de los aislados, que incluyó pruebas fisiológicas, y medición de su capacidad para producir filamentos y esporas. Sin embargo, debido a que estas técnicas no fueron suficientes para identificar los aislados hasta el nivel taxonómico de género o de especie, se complementó el estudio de cada aislado empleando técnicas moleculares basadas en el análisis de restricción del gen rRNA 5.8S y los espaciadores transcritos internos (ITS1 e ITS2). Cuando el empleo de esta técnica no permitió obtener resultados definitivos y para confirmar las asignaciones realizadas usando PCR-RFLPs, se secuenció el dominio D1/D2 del gen 26S rRNA de los aislados más representativos. Mediante estas técnicas se lograron identificar las especies más representativas de los tres tipos de chicha: Candida tropicalis, Pichia kluyveri, Pichia guilliermondii, Hanseniapora guilliermondii, Pichia fermentans, Saccharomyces cerevisiae, Candida maltosa, Rhodotorula glutinis, Torulaspora delbrueckii, Hanseniaspora uvarum, Kazachstania exigua, Kluyveromyces marxianus, Yarrowia lypolitica, Candida parapsilosis, Debaromyces hansenii, Cryptococcus arboriformis, Saccharomyces martiniae, Dekkera anomala, Aureobasidium pullulans y Candida pseudointermedia. La caracterización preliminar de los aislados...

In Colombia, knowledge about yeast communities has been limited because most reports have focused on yeast species with clinical relevance. The spontaneous fermentation of different substrates creates important habitats for analyzing wild yeast populations; for this reason, in this study we isolated and identified yeasts associated with the “chichas” of corn, pineapple, and “arracacha,” which are traditional fermented Colombian beverages. The most representative yeasts were isolated from “chicha” during its three phases of fermentation: initial, tumultuous and final. Initially, we made a partial characterization of isolated yeasts, including macroscopic and microscopic descriptions, physiological tests, and measurement of capacity for producing spores and filaments. However, because these techniques were not sufficient for identification of isolated yeasts to the level of genus and species, the study was complemented by using molecular techniques based on restriction analysis of the ITS1-5.8S rRNA gene-ITS2. When this technique did not permit us to obtain positive results and confirm the PCR-RFLP results, we used the sequence of the D1/D2 domain of the 26S rRNA gene instead for most representative isolates. With these techniques, we identified the most representative yeast species of the three classes of “chicha”: Candida tropicalis, Pichia kluyveri, Pichia guilliermondii, Hanseniapora guilliermondii, Pichia fermentans, Saccharomyces cerevisiae, Candida maltosa, Rhodotorula glutinis, Torulaspora delbrueckii, Hanseniaspora uvarum, Kazachstania exigua, Kluyveromyces marxianus, Yarrowia lypolitica, Candida parapsilosis, Debaromyces hansenii, Cryptococcus arboriformis, Saccharomyces martiniae, Dekkera anomala, Aureobasidium pullulans and Candida pseudointermedia. The preliminary characterization of isolated yeasts, based on ethanol-tolerance and salt-tolerance tests, permitted recognition of wild yeasts for possible biotechnological uses in industry.

Identificación de micobacterias no tuberculosas: comparación de métodos bioquímicos y moleculares / Identification of non-tuberculosis mycobacteria: comparison between biochemical and molecular methods

Las infecciones causadas por micobacterias no tuberculosas (MNT) o atípicas constituyen en la actualidad un grave problema de salud, especialmente en pacientes inmunocomprometidos. Estas micobacterias presentan patrones de susceptibilidad a antibióticos particulares y distintos a M. tuberculosis, por lo que la administración del tratamiento adecuado requiere de un método rápido, sencillo y sensible de identificación. La técnica de PRA (Análisis de Restricción de Productos de PCR), basada en la digestión enzimática del producto de amplificación del gen hsp65, ha mostrado ser un método adecuado de identificación de micobacterias. En el presente trabajo se comparó la técnica de PRA con el estándar de identificación de micobacterias representado por las pruebas bioquímicas en 30 aislados provenientes del Laboratorio de Tuberculosis del Instituto de Biomedicina. La técnica de PRA permitió identificar 96% de las cepas analizadas, en comparación con 92.% de cepas identificadas por las técnicas bioquímicas. Los resultados obtenidos fueron idénticos en 18 de 22 cepas, correspondiendo al 82% de los resultados. Se concluye que el PRA es un método rápido, sencillo y económico que produce resultados concordantes con las técnicas tradicionales, con un menor grado de error. Basados en estos resultados se recomienda el uso del PRA en los laboratorios clínicos como método de identificación de rutina para micobacterias.

Infections caused by atypical mycobacteria at present constitute a serious health problem, especially in immunocompromised patients. These mycobacteria present particular susceptibility patterns, different from M. tuberculosis, due to which the administration of an adequate treatment requires a fast, simple and sensitive identification method. The PRA technique (PCR Restriction), based on the enzymatic digestion of the amplification product of the hsp65 gene has shown to be an adequate method for the identification of mycobacteria. In this study we compared the PRA technique with the standard mycobacterial identification method, represented by biochemical tests, in 30 isolates from the Tuberculosis Laboratory of the Instituto de Biomedicina. The PRA technique allowed the identification of 96% of the strains analyzed, as compared with 92% of strains identified through biochemical methods. The results obtained were identical in 18 of 22 strains, corresponding to 82% of the results. It is concluded that the PRA technique is a fast, simple and economical method that produces results in concord with traditional techniques, with a lesser degree of error. Based in these results, the use of PRA as routine identification technique for mycobacteria is recommended for clinical laboratories.

Identificación de una secuencia de ADN genómico de Leishmania especifica del subgénero Leishmania / Identification of a genomic DNA sequence of Leishmania, specific of Leishmania subgenus

Leishmania es el agente causante de la compleja enfermedad conocida como leishmaniasis. Las distintas especies de este parásito protozoario se encuentran agrupadas en dos subgéneros, Viannia y Leishmania, de acuerdo a su desarrollo en el mosquito vector. Un ensayo de PCR, β500-PCR, específico del subgénero Viannia, ha sido desarrollado utilizando la secuencia de ADN genómico denominada β500. En este trabajo se presenta el aislamiento e identificación de una secuencia genómica de 280 pb, L280, a partir del ADN genómico de Leishmania (Leishmania) mexicana luego de aplicar el ensayo β500-PCR en condiciones de baja rigurosidad. La secuenciación parcial de L280 permitió diseñar un ensayo de PCR (L280-PCR) que generó un producto de amplificación de 260 pb, en distintas condiciones de rigurosidad, cuando se utilizó el ADN genómico de distintas especies pertenecientes al subgénero Leishmania. El ensayo L280-PCR resultó negativo para el ADN genómico de distintas especies del subgénero Viannia al igual que para el ADN de otros organismos kinetoplastidos o humano. Los resultados sugieren que el ensayo L280-PCR es específico del subgénero Leishmania.

Leishmania is the causal agent of the leishmaniasis disease. The different species of this protozoa parasite are grouped in two subgenera, Viannia and Leishmania, according to their development in the sandfly vector. A specific PCR assay, β500-PCR, has been developed for the Viannia subgenus using the genomic β500 DNA sequence. In the present work we present the isolation and identification of a genomic sequence of 280 bp, L280, obtained from genomic DNA of Leishmania (Leishmania) mexicana after application of the β500-PCR assay at low stringency. After partial sequencing of L280 a PCR assay was generated, L280-PCR, this yielded a product of 260 bp at different conditions of stringency, when genomic DNA of different species of Leishmania subgenus was used. The L280-PCR assay was negative to genomic DNA of species belonging to the Viannia subgenus and also to other kinetoplastid organisms and human. The results suggest specificity of the L280-PCR assay for the Leishmania subgenus.